万方硕士论文查重和知网查重是两种常见的学术查重工具。万方硕士论文查重主要针对硕士论文、博士论文等学术论文进行查重，其算法较为严谨，能够检测出文本中的抄袭部分，并给出详细的查重报告。而知网查重则是中国知网推出的查重系统，主要应用于期刊、会议论文等领域，具有较高的查重准确率。区别在于，万方硕士论文查重更注重学术论文领域，而知网查重更广泛适用于期刊论文等不同类型的文献。

此外，万方硕士论文查重和知网查重在使用体验上也有所不同。万方硕士论文查重界面简洁清晰，操作相对简单，适合学术界人士使用；知网查重则提供了更多的高级功能和定制化选项，适合对查重要求较高的用户。综上所述，选择万方硕士论文查重还是知网查重，取决于您的具体需求和使用习惯。希望以上信息能帮助您更好地了解两者的区别，从而选择适合自己的查重工具。